Ignalinos atominėje elektrinėje (IAE) įgyvendinamas analogų pasaulyje neturintis projektas – energijos blokų su RBMK tipo grafito reaktoriais išmontavimas. Galutinio IAE eksploatavimo nutraukimo plano (GENP), kuris yra galutinis ir vienintelis dokumentas, kuriame nurodoma, kaip bus vykdomas IAE eksploatavimo nutraukimas, pirmoji versija buvo pradėta rengti 2002 metais, patvirtinta 2005 metais. Tuo metu nebuvo aiški visų darbų apimtis ir kaina, o plane pateikti įvertinimai buvo paremti prognozėmis, todėl buvo sudėtinga realiai planuoti ir tiksliai įvertinti kelis dešimtmečius truksiančio IAE eksploatavimo nutraukimo projekto darbų apimtis ir kaštus.
Tarptautinė praktika rodo, kad įgyvendinant tokius ilgos trukmės ir sudėtingus projektus, kaip IAE eksploatavimo nutraukimas, kai projektas užtrunka daugiau nei 30 metų, dažnai projekto vykdymo eigoje koreguojami vykdymo terminai ir kaina. IAE atveju eksploatavimo nutraukimo kainos kitimą lėmė projektų vertės padidėjimas, statybinių ir kitų darbų įkainių padidėjimas, ankstesniame GENP nenumatytų darbų sąmata, eksploatavimo nutraukimo terminų pakeitimas, energetinių išteklių kaštų padidėjimas, sąnaudų, susijusių su įrenginių ir pastatų priežiūra, padidėjimas ir kt. Po galutinio reaktorių sustabdymo daugelis sistemų ir elementų tebėra eksploatuojami, nes panaudotas branduolinis kuras ir kiti aktyvūs elementai dar nėra pašalinti iš reaktoriaus ir kuro išlaikymo baseinų, todėl, siekiant užtikrinti branduolinę ir radiacinę saugą, dauguma sistemų privalo būti eksploatuojamos iki kuro pašalinimo iš reaktorių ir kuro išlaikymo baseinų, kas taip pat padidina sustabdytos IAE priežiūros kaštus.
Nors nauja GENP versija buvo patvirtina 2014 m., eksploatavimo nutraukimo darbų apimtys ir kaštai buvo pradėti peržiūrėti anksčiau. Dar 2010 m. derybose dėl ES finansinės paramos 2014–2020 m. laikotarpiui, Lietuva Europos Komisijai deklaravo patikslintą – didesnę nei senoje GENP versijoje nurodyta – IAE eksploatavimo nutraukimo darbų kainą (2,9 mlrd. eurų įskaitant rizikas ir infliaciją). Atnaujintas GENP įtvirtina anksčiau atliktus patikslintus skaičiavimus.
Atsižvelgiant į šiai dienai sukauptą IAE eksploatavimo nutraukimo patirtį, tarptautinę atominių elektrinių eksploatavimo nutraukimo patirtį, IAE dirbančių tarptautinių ekspertų rekomendacijas, patikslinus pirminius skaičiavimus ir įvertinus kainų pokyčius, numatoma, kad bendra IAE eksploatavimo nutraukimo kaina bus 2,6 mlrd. eurų (neįskaitant rizikų ir infliacijos). Ši suma apima visus finansavimo šaltinius – tiek ES skiriamą paramą, tiek Lietuvos skiriamą dalį.
Pažymėtina, kad atnaujintas GENP bei gerokai į priekį pažengęs šiaurės rytų Vokietijoje esančios Greifsvaldo atominės elektrinės nedelsiamo išmontavimo procesas įrodo, kad apskaičiuotos išlaidos yra pagrįstos ir prasmingos. Lietuvos atveju darbų ir radioaktyviųjų atliekų apimtys ženkliai didesnės nei Greifsvaldo, o planuojama IAE uždarymui suma – mažesnė. Be to, IAE susiduria su daug didesnio masto ir techniškai sudėtingesnio grafitinio reaktoriaus išmontavimo procesu bei patirties grafitinių reaktorių išmontavimo pasaulinėje praktikoje stoka, tuo tarpu Greifsvaldo AE atliekamų išmontavimo darbų mastai yra mažesni bei yra galimybė remtis pasauline suslėgto vandens reaktorių išmontavimo praktika. Šiai dienai Greifsvaldo kaštai jau viršija IAE ir sudaro 3.2 mlrd. eurų.
Vykdydama savo įsipareigojimus, Europos Sąjunga IAE eksploatavimo nutraukimui finansuoti iki 2013 m. pab. yra skyrusi 1367 mln. eurų ir papildomai numatė skirti 450,8 mln. eurų 2014–2020 m. laikotarpiu. Lietuvos indėlį į eksploatavimo nutraukimą sudaro VĮ „IAE Eksploatavimo nutraukimo fondo“ (ENF) lėšos bei Lietuvos Respublikos biudžeto skiriamos lėšos. 2013 m. gruodžio 31 dienai iš ENF skirtų lėšų buvo panaudota 64,7 mln. eurų, iš šalies biudžeto skirtų lėšų buvo panaudota 33,4 mln. eurų. 2014–2020 m. laikotarpiu planuojamas Lietuvos indėlis IAE eksploatavimo nutraukimui – 140 mln. eurų. Atsižvelgiant į netiesioginius Lietuvos padengiamus kaštus, nacionalinė finansavimo dalis yra dar didesnė.
Š. m. rugpjūčio 25 d. Lietuvos Respublikos energetikos ministro įsakymu buvo patvirtinta GENP nauja versija. Rengiant naują GENP versiją buvo daroma prielaida, kad adekvatus ES finansavimas bus užtikrintas visam likusiam IAE eksploatavimo nutraukimo laikotarpiui.